Фамилия Халифали — редкий случай, когда в основе лежит арабское слово «халиф» (наместник, преемник, титул верховного правителя в исламском мире). Однако её окончание сразу выбивается из привычных русских моделей: типичные фамилии на -ов, -ин, -ский здесь не работают. Халифали — это, скорее всего, не русифицированная, а тюркская или кавказская форма, где компонент -али отсылает к имени Али (зятя пророка Мухаммеда) или к арабскому «али» (высокий, возвышенный). Таким образом, фамилия может означать «халиф Али» или «высокий халиф» — составное прозвище-титул, которое закрепилось за родом.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где ислам и тюркские языки соседствуют с русской административной традицией: Дагестан, Чечня, Ингушетия, частично Татарстан и Башкортостан. В этих местах фамилии часто образовывались от имён или прозвищ, а не по русскому патронимическому шаблону. Халифали могло быть прозванием человека, который вёл род от уважаемого духовного лица или носил имя Халиф в честь Али.

Словообразовательно интересно, что фамилия не имеет суффикса: она застыла в виде составного личного имени. Это говорит о том, что предок носителя, вероятно, не был крепостным, попавшим в русскую перепись (где фамилии бы унифицировали), а сохранил традиционную форму вплоть до XX века. Встречаются варианты написания с одной «л» (Халифали) и с двумя (Халифалли), но корень остаётся тем же.

Спорная версия — связь с персидским «халиф-али» (друг Али), но она слабее: в персидских фамилиях чаще встречаются суффиксы -заде, -пур. Надёжнее считать Халифали арабо-тюркским составным именем, которое перешло в фамилию без изменений. В русском контексте она остаётся экзотической: носителей мало, и почти все они сосредоточены на Северном Кавказе или в среде кавказской диаспоры.