Фамилия Халикшерова — редкий пример, где основа не славянская, а восточная, а суффикс — русский. Она образована по модели «основа + -ов/-ев», то есть принадлежит к типу русских фамилий, которые давали по отцу: «чей сын?» — Халикшеров. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в русской среде или в среде крещёных народов Поволжья, Средней Азии, где активно шла русификация фамилий в XIX–XX веках.

Основа «Халикшер» — составное имя или прозвище арабско-персидского происхождения. Первая часть, «Халик», восходит к арабскому «халик» — «создатель», «творец», один из эпитетов Аллаха в исламе. Вторая часть, «шер», скорее всего, искажённое персидское «шир» (شیر) — «лев» или «храбрый». Таким образом, полное имя могло означать «лев, созданный Богом» или «творец-лев» — типичное для восточной ономастики составное имя с сакральным и зооморфным компонентами. Встречаются варианты написания через «и» — Халикширов, но форма на «е» (Халикшер) может быть диалектной или результатом адаптации к русскому произношению.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским, башкирским или кавказским населением, где были распространены арабо-персидские имена. Встречается в Татарстане, Башкортостане, а также среди народов Дагестана, где суффикс -ов добавляли при оформлении фамилий в советское время. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется — это говорит о её относительно позднем закреплении, вероятно, в конце XIX — начале XX века, когда начался массовый переход от отчеств к наследственным фамилиям.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что сохранила обе части сложного восточного имени без усечения, что редкость: обычно такие имена сокращали (например, Халиков от Халикулла). Здесь же полная форма «Халикшер» осталась нетронутой, что может указывать на сильное влияние местной устной традиции или на то, что носитель был из среды, где имя не переосмысляли как чисто религиозное. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.