Фамилия Халилаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Халилаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Халилаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Халилаев восходит к мусульманскому мужскому имени Халил, которое в переводе с арабского означает «верный друг». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать надежным и сильным мужчиной и иметь верных друзей. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Халилаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Халилаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.