Фамилия Халиллаев — наглядный пример того, как при заимствовании имени из арабского мира через тюркские языки меняется и суффиксальная модель. В основе лежит арабское имя Халил (Халиль), которое означает «близкий друг», «верный товарищ» (один из эпитетов пророка Ибрахима/Авраама в исламе — «Халилуллах», то есть «друг Аллаха»). Но в самой фамилии бросается в глаза двойной суффикс: -ла- и -ев.

Такое удвоение — не случайность. Формант -ла- характерен для тюркских языков, особенно азербайджанского и кумыкского, где он образует фамилии по модели «имя + -лы/-ли» (со значением принадлежности). В русской записи этот тюркский показатель превратился в -ла-, а затем к нему добавили стандартный русский патронимический суффикс -ев. Получилась гибридная конструкция: корень Халил + тюркский «притяжательный» элемент + русское окончание. То есть Халиллаев буквально — «сын того, кто из рода Халила».

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Закавказью. Чаще всего она встречается у азербайджанцев, кумыков, реже — у лезгин и других народов Дагестана. В русских документах XIX — начала XX века, при переписях и метрических записях, тюркские фамилии нередко записывали именно в такой «двойной» форме: местный суффикс сохраняли по привычке, а сверху добавляли русский, чтобы фамилия вписалась в имперскую бюрократию.

Исходное прозвище Халил могло закрепиться за человеком, который был известен своей преданностью, дружелюбием или религиозным почитанием — имя давали в честь пророка. Никакого другого корня, кроме арабского, у фамилии нет: попытки связать её с тюркским глаголом «калыть» (оставаться) или с русским «халить» (портить) ономастика отвергает как народную этимологию без исторических оснований.