Фамилия Халисов — одна из тех, где очевидная основа не даёт однозначного ответа: она может быть как русской по форме, так и восходить к тюркскому или арабскому имени. Чтобы разобраться, смотрим на суффикс и корень.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Халисов — сын или потомок человека по имени или прозвищу Халис. Основа здесь — «Халис». В русской ономастике это либо адаптированная форма арабского имени Халис (в переводе «чистый», «искренний», «верный»), либо тюркское прозвище с тем же значением. Имя Халис (Халис, Галис) встречается у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам. Через татарское посредничество оно попало и в русскую среду, особенно в Поволжье и Приуралье.

Второй, менее очевидный вариант — происхождение от прозвища Халиса (женского рода) или Халис (мужского) в значении «льстец», «угодник». В русских говорах слово «халить» означало «льстить, угождать», а «халис» — льстец. Однако эта версия слабее: фамилии на -ов от прозвищ с мягким знаком на конце (типа Хались → Халисев) встречаются реже, а форма Халисов предполагает твёрдую основу.

Географически фамилия Халисов распространена в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — то есть в зоне активных русско-тюркских контактов. Многие носители — русские по паспорту, но с татарскими или башкирскими корнями в роду. В дореволюционных метрических книгах Халисовы встречаются среди крестьян и мещан, что подтверждает бытовое, а не аристократическое происхождение.

Таким образом, Халисов — фамилия, скорее всего, «вторичная»: русская по форме, но восходящая к мусульманскому имени Халис. Её носитель — потомок человека, которого звали Халис, или того, кого за чистоту и искренность прозвали Халисом.