Фамилия Халисова — женская форма фамилии Халисов, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем, которое легло в основу. Сама фамилия Халисов образована от имени Халис. Это имя восходит к арабскому корню «халис», что означает «чистый», «искренний», «верный». В мусульманской традиции имя Халис (или Халис) — одно из одобряемых, оно несёт положительную характеристику человека: честного, свободного от пороков. Таким образом, предок-родоначальник Халисовых, скорее всего, носил это имя, а его потомки получили фамилию по отцу: «чей сын?» — «Халисов».

По суффиксу фамилия относится к самой распространённой в русской среде модели на -ов/-ев. Это указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где русская патронимическая система (отчество, переходящее в фамилию) смешивалась с тюркскими или кавказскими корнями. Хотя имя арабское, носители фамилии Халисовы в России — это, как правило, потомки татар, башкир, народов Кавказа (например, аварцев, кумыков, лезгин), которые исторически приняли русскую фамильную форму. Встречается фамилия и у казахов, но там чаще сохраняется вариант без суффикса — Халисов.

Географически фамилия Халисова распространена в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской, Челябинской областях, а также в среде кавказских народов. Встречается она и в Средней Азии, но там, как правило, записывается без окончания -а, по местным правилам. В русском контексте фамилия не имеет дворянских корней — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде мусульманских народов, вошедших в состав Российской империи.

Стоит отметить, что в некоторых случаях фамилию могли дать не от имени, а от прозвища Халис. Прозвище могло закрепиться за человеком, отличавшимся особой честностью или чистоплотностью. Однако это менее вероятно — в тюркской и кавказской среде имя Халис было достаточно популярно, чтобы стать основой фамилии без дополнительного прозвищного этапа.