Фамилия Халходжаева — одна из тех, что сразу указывает на восточные, а точнее, тюрко-иранские корни, и почти наверняка несёт в себе религиозный или социальный статус предка. Это женская форма, а мужской вариант — Халходжаев. Основа фамилии — составное имя или прозвище, которое можно разобрать на две части: «Хал» и «Ходжа».

Первая часть, «Хал», с большой вероятностью восходит к арабскому слову «халь» (خال), означающему «родич по матери», «дядя по материнской линии». В тюркских языках это слово также могло использоваться как почтительное обращение к старшему или уважаемому человеку. Вторая часть — «ходжа» (хожа, ходжа) — классический титул, распространённый в Средней Азии, на Ближнем Востоке и в мусульманских общинах. Ходжами называли потомков пророка Мухаммеда (через его дочь Фатиму и зятя Али), а также духовных наставников, богатых купцов или просто грамотных и уважаемых людей. Таким образом, «Халходжа» — это сложное образование, которое можно перевести как «дядя-ходжа» или «уважаемый родич-наставник». Скорее всего, так называли человека, который был одновременно и родственником (дядей), и обладал высоким духовным или общественным положением.

Модель образования фамилии типична для многих народов Средней Азии и Кавказа: к основе (имени или прозвищу) добавляется русский суффикс -ев (реже -ов), который в XIX–XX веках использовался для русификации местных фамилий при включении их в имперскую систему учёта. Суффикс -а женского рода указывает на принадлежность к роду: дочь или жена Халходжи. Географически фамилия наиболее характерна для Узбекистана, Таджикистана и, возможно, для регионов с узбекской или таджикской диаспорой в России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного предка, известного в своём кишлаке или махалле.

Стоит отметить, что написание через «а» (Халходжаева, а не Халходжева) — результат адаптации восточного произношения к русской орфографии. В оригинале «ходжа» произносится с твёрдым «а» на конце, что и закрепилось в письменной форме. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, например, с более распространённой Ходжаевой, то приставка «Хал-» как раз и отличает эту ветвь, подчёркивая дополнительную родственную связь. Носительница фамилии может считать, что её предки были людьми духовного звания или состоятельными купцами, но точнее всего фамилия говорит о том, что основатель рода носил двойное почётное прозвище, в котором уважение к родству соединилось с высоким социальным титулом.