Фамилия Халуга звучит необычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная без типичного для великорусских фамилий суффикса -ов/-ев или -ин. Форма на -а характерна для прозвищ, которые закрепились как фамилии в юго-западных землях бывшей Речи Посполитой.

В основе лежит слово «халуга». В украинском и южнорусских говорах так называли хлев, сарай для скота, а иногда и просто убогое, бедное жильё, лачугу. Слово родственно белорусскому «халупа» — бедный дом. Таким образом, прозвище Халуга могли дать человеку, который жил в ветхом жилище, либо тому, кто работал при скотном дворе. Впрочем, в некоторых диалектах слово имело и переносное значение — нелюдимый, замкнутый человек, «живущий как в хлеву».

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с древнерусским именем Халуга, которое могло быть уменьшительной формой от крестильных имён вроде Харлампий или Фалалей. Однако в ономастике чаще исходят из нарицательного значения прозвища, особенно если оно имеет чёткую бытовую параллель.

Фамилия редкая, её географические корни — Черниговская, Киевская, Гомельская области. Поскольку фамилия не имела дворянского суффикса, её носители в массе своей относились к крестьянскому или казачьему сословию. В современных списках Халуга встречается спорадически, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер.