Фамилия Халухаев образована от имени Халухай, диалектного варианта мужского тюркского имени Халукай. Имя Халукай, как и многие восточные имена, состоит из двух частей. Первая из них восходит к имени Халук, диалектной форме имени Халилулла, которое в переводе с арабского означает «любимец Аллаха». Кроме того, слово «ай» имело следующие переносные значения: «красивый, ценный; святой; чистый, светлый, лучистый; умный; дорогой; обильный; счастливый; полный» и др. Таким образом, потомок человека, которого звали Халухай, со временем получил фамилию Халухаев.