Фамилия Холухаев — редкая, и её значение напрямую связано с основой «холуй». Вопреки современному бранному оттенку, в древнерусском языке слово «холуй» означало не ругательство, а конкретный социальный статус: зависимый человек, слуга, челядинец. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Холуй плюс притяжательный суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Получается «сын Холуя» или «принадлежащий Холую».

Однако есть нюанс, который отличает эту фамилию от десятка похожих. В ономастических работах (например, у Б. Унбегауна) отмечается, что прозвища от слова «холуй» могли давать не только по роду занятий. В северных и центральных говорах «холуем» называли не просто слугу, а человека, который прислуживал барину в доме, часто — мальчика или парня на побегушках. Со временем слово могло закрепиться за человеком незлобивым, покладистым или, наоборот, льстивым. Прямого указания на ремесло здесь нет — это скорее характеристика поведения или положения в обществе.

С географией сложно. Фамилия Холухаев не массовая, в списках распространённых русских фамилий она не фигурирует. Можно предположить, что она бытует локально — возможно, в Поволжье или в центральных областях, где слово «холуй» было в ходу. Форма на -ев, а не на -ин, типична для прозвищ на -й, что указывает на восточнославянское происхождение, скорее великорусское.

Стоит отметить, что фамилии от слова «холуй» встречаются в разных вариациях: Холуев, Холуйников, Холуйщиков. Холухаев выделяется суффиксом -а-, который в прозвище мог появиться как диалектное или просторечное расширение основы (Холуй → Холухай). Такая модель встречается реже и делает фамилию более архаичной. Носители фамилии в XIX веке, скорее всего, были из крестьян или мещан — в дворянской среде подобные прозвища не приживались.