Фамилия Халушкина образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — халушкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Халушка. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Халу́шкина. Основа здесь — слово «халушка», которое в русских говорах имеет два основных значения, и оба могут быть исходными для прозвища.

Первое значение — «халупа», то есть небольшая, бедная, часто ветхая изба или лачуга. В этом случае прозвище Халушка могли дать человеку, который жил в такой халупе, либо тому, кто строил или чинил подобные жилища. Второе значение — диалектное название рыбы, чаще всего мелкой плотвы или уклейки, в некоторых областях так называли и ерша. Тогда прозвище могло закрепиться за рыбаком или за человеком с соответствующим характером — вертлявым, колючим или невзрачным.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где слово «халупа» и его производные встречаются чаще. Встречается она и в белорусских землях. В дореволюционных списках и современных базах Халушкины заметны в Воронежской, Курской, Ростовской областях, а также на Кубани. Это указывает на крестьянское происхождение фамилии: в среде однодворцев и государственных крестьян прозвища по жилью и быту были особенно распространены.

Редкий момент: фамилия могла возникнуть и от украинской формы личного имени Харитон — Халуш, Халушка. В украинском языке уменьшительные формы имён часто усекались и «русифицировались» при переносе в официальные документы. Но эта версия менее вероятна, потому что от имени Харитон осталось больше фамилий с корнем Харитонов, а «халушка» как бытовое слово была слишком употребительна, чтобы её не заметить.

В любом случае, Халушкины — не потомки какого-то знатного рода. Фамилия сложилась в народной среде и прямо говорит о том, что предок носителя либо жил скромно, в маленьком доме, либо промышлял мелкой рыбой. Никаких сомнительных и красивых легенд за ней не числится — только реальный быт русского или украинского крестьянина.