Фамилия Халюто — редкая и звучит необычно для русского уха. Скорее всего, её корни ведут на запад или юго-запад, в земли, где пересекались польские, белорусские и украинские говоры. Самая очевидная версия связывает её с украинским или белорусским прозвищем «Халюта» или «Халява». В этих языках «халява» — это не только сапожная заготовка, но и переносное название для неряшливого, нерасторопного человека или, наоборот, того, кто любит поживиться чужим («на халяву»). Суффикс -о в фамилии Халюто указывает на типичную для украинской и белорусской ономастики модель: так закрепляли прозвища, превращая их в родовые имена (сравните: Головато, Носатко).

Менее очевидная, но возможная версия — происхождение от имени Халимон (просторечная форма канонического имени Филимон). В этом случае Халюто могло быть результатом местного произношения или искажения: Халимон → Халюта → Халюто. Такая цепочка типична для регионов, где звук «ф» заменяли на «хв» или «х». Однако, в отличие от фамилий вроде Халимов или Халимоненко, форма на -то встречается реже и чаще фиксирует именно прозвище, а не крестильное имя.

Фамилия не входит в число распространённых дворянских родов. Скорее всего, она возникла в крестьянской или казачьей среде. Географически её следы можно найти в документах по Черниговской, Киевской и Гродненской губерниям, что подтверждает западнорусское происхождение. Особенность фамилии — её «застывшая» форма: она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия на -ов, а остаётся неизменной (к Халюто, с Халюто), что выдает её украинское или польское словообразовательное влияние.