Фамилия Халютин — редкий пример того, как народная этимология перекроила церковное имя до неузнаваемости. В её основе, скорее всего, лежит имя Халюта — уменьшительная форма от Фалалей. Цепочка преобразований выглядит так: Фалалей – Фалей – Фаля – Халя – Халюта. Звук «ф», чуждый древнерусскому языку, часто заменяли на «х», и это чередование особенно было распространено в южных говорах. Греческое имя Фалалей, от которого всё пошло, составлено из слов thallō («цвести») и elaia («маслина»), так что буквально оно означает «цветущая маслина».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Халютин — это «сын Халюты», «человек из рода Халюты». Такая модель типична для прозвищных и уменьшительных имён, которые закрепились в качестве фамилий в XV–XVII веках.

Менее вероятная версия связывает фамилию с гидронимом — рекой Халюта в Усть-Удинском районе Иркутской области. Название, предположительно, восходит к бурятскому «халюун» — «место, где есть выдра». Если эта гипотеза верна, основатель фамилии мог родиться или долго жить на берегах этой сибирской реки. Однако для фамилии, зафиксированной в центральных губерниях России, такая географическая привязка выглядит вторичной: скорее реку назвали по имени человека, чем наоборот.

Известен старинный дворянский род Халютиных, записанный в VI часть родословных книг Воронежской, Смоленской, Калужской и Московской губерний. Родоначальником считается Клементий, владевший поместьями в начале XVII века. Его сын Григорий и внук Клементий служили стряпчими и числились в рейтарском полку — это говорит о служилом, а не крестьянском происхождении ранних носителей фамилии.

В документах XX века фамилия встречается в разных концах страны. В Книге памяти Кабардино-Балкарской Республики записан Халютин Александр Данилович, родившийся в 1890 году в деревне Дурово Ростовского района Западной области. В Книге памяти Республики Татарстан отмечен Халютин Константин Валерьянович, рождённый в 1896 году в Ижевске. Разброс мест — от Ростовского района до Ижевска — подтверждает, что фамилия не была узко локальной, а распространилась вместе с дворянскими и служилыми родами по нескольким губерниям.