Фамилия Хаютин — одна из тех, где на первый взгляд очевидная основа обманчива. Если отбросить фамильный суффикс -ин, остаётся корень «Хают-». Казалось бы, перед нами типичная «матрешечная» фамилия, образованная от прозвища Хаюта, которое в свою очередь происходит от глагола «хаять» — ругать, порицать, хулить. Такого человека могли прозвать за ворчливость, склонность к критике или бранчливость. Слово «хаять» общеславянское, и модель прозвищ от него известна: Хая, Хаюн, Хаюта. Фамилии Хаютин, Хаев, Хаин, Хаюнов — звенья одной цепи.

Однако есть нюанс. В еврейской ономастике, особенно у ашкеназских евреев, фамилия Хаютин (вариант Хаютин) имеет совершенно другую этимологию. Она образована от мужского имени Хаим (חַיִּים — «жизнь») с помощью славянского патронимического суффикса -ин. Фонетический переход «м» в «ю» («Хаим» → «Хаютин») — результат адаптации на слух: в разговорной речи «Хаим» могло звучать как «Хаюм», отсюда и форма «Хаютин». По этой версии, фамилия означает «сын Хаима» и не имеет ничего общего с «хаяньем».

Какая из версий верна для конкретного носителя — зависит от региона и семейного предания. В русской среде фамилия редкая, встречается спорадически, без выраженного «гнезда» в одной области. В среде еврейской, особенно на территории бывшей черты оседлости (Украина, Белоруссия), Хаютин — более закономерная фамилия, образованная по той же модели, что и Хаимов, Хаинович, но с характерным славянским оформлением. Спор между версиями разрешается просто: если в роду помнят имя Хаим, то этимология ясна. Если же прозвище, скорее всего, связано с «хаять», то перед нами потомок человека с трудным характером.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хаютин, то есть сын или потомок Хаюты (или Хаюма). Такая модель типична для центральной и северной Руси, а также для фамилий, возникших в среде, где русский язык был языком делопроизводства, независимо от этнического происхождения носителя.