Фамилия Хамаганов — одна из тех, где географический ключ важнее морфологического. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища: Хамаган → сын Хамагана, то есть Хамаганов. Основа же фамилии не имеет очевидных славянских корней, и здесь вступает в дело региональная привязка. Основной ареал фамилии — Бурятия, Иркутская область и Забайкалье. Это прямо указывает на бурятское или монгольское происхождение прозвища.

Самая правдоподобная версия связывает основу «хамаган» с бурятским словом «хамаган» (хамган) — «старуха», «бабушка», «пожилая женщина». В традиционной культуре бурят это слово могло быть не только обозначением возраста, но и именем духа-покровителя очага, хранительницы рода. Прозвище Хамаган могли дать либо уважаемой женщине, либо, что встречается в антропонимике кочевых народов, мужчине — в качестве оберега или шутливого прозвища (например, за степенность или хозяйственность). Таким образом, фамилия Хамаганов буквально означает «потомок Хамагана» (человека с прозвищем Старуха).

Встречается и более редкое толкование: в некоторых тюркских диалектах «хамаган» (или «камаган») — «сильный», «могучий». Однако для территории расселения бурят это объяснение менее характерно. Бурятская версия подтверждается и тем, что фамилия почти не встречается в европейской части России, а её носители — в основном потомки бурятских родов, принявших православие и русифицировавших фамилию через суффикс -ов.

В отличие, скажем, от фамилий на -ин, которые часто образовывались от женских основ прямо (например, Марьин), Хамаганов прошёл стадию отчества от прозвища, которое уже в бурятской среде было мужским (Хамаган как имя или прозвище). Социальный состав носителей фамилии в XIX — начале XX века — в основном крестьяне и казаки Забайкальского казачьего войска, в которое входило много бурят. Анализ фамилии показывает, как локальное прозвище, связанное с домом и женским началом, стало родовым именем для целого клана.