Фамилия Хамер не относится к числу исконно русских, и это заметно сразу по её звучанию и написанию. В русском языке она чаще всего воспринимается как иноязычное заимствование, хотя её носители могли жить на территории Российской империи столетиями. Чтобы понять происхождение, нужно смотреть не на суффикс (в этой фамилии его нет, она пришла в готовом виде), а на корень.

Самая прямая и очевидная версия — профессиональное прозвище. В немецком, идише и нидерландском языках «Hammer» означает «молот». Фамилия Хамер (вариант написания Hammer) могла принадлежать кузнецу, слесарю или любому ремесленнику, работавшему с молотом. Это типичная «говорящая» фамилия для немецкоязычных регионов Европы, откуда она попала в Россию вместе с переселенцами. В XVIII–XIX веках в Поволжье, Причерноморье и на Волыни оседали немецкие колонисты, среди которых фамилия Hammer (или её русифицированная форма Хамер) встречалась нередко.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — топонимическая. Существует несколько населённых пунктов с названием Хамер (Hammer) в Германии, Австрии и даже в Чехии. В таком случае фамилия указывала на выходца из этого места. Однако для русской традиции эта версия слабее: фамилии от названий городов у немцев часто оформлялись суффиксами (-er, -ский), но без дополнительных указаний на сословие или статус предка точную привязку сделать трудно.

В еврейской среде ашкеназов фамилия Хамер (Хаммер) также была распространена. Она могла быть искусственно присвоена в начале XIX века, когда в Российской империи и Австро-Венгрии обязали евреев иметь фамилии. Часто брали немецкие слова, связанные с ремёслами или бытом. Молот как символ труда и силы — вполне подходящий выбор. В некоторых случаях фамилию могли дать по названию орудия, которое использовал предок, даже если он не был кузнецом, а, например, плотником или камнетёсом.

В русском языке фамилия Хамер склоняется как обычное существительное мужского рода (Хамер, Хамера, Хамеру), если речь идёт о мужчине, и не склоняется, если о женщине. Ударение в большинстве случаев падает на первый слог: Ха́мер. Путаница с буквой «е» или «э» в первом слоге (Хаммер, Хамэр) — следствие передачи иноязычного звучания на письме, но в документах закрепился именно вариант Хамер. Поиск однокоренных русских фамилий здесь бессмыслен: в восточнославянской традиции «молот» дал фамилии Молотков, Кузнецов, но не Хамер. Эта фамилия стоит особняком и чётко указывает на западноевропейские корни предка — скорее всего, ремесленника с молотом в руках.