Фамилия Хацер — редкий пример, где географический и языковой следы почти наверняка ведут в одну точку. В отличие от множества русских фамилий, оканчивающихся на -ов или -ин, эта фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности. Она представляет собой чистую основу, что сразу указывает на её относительно позднее происхождение или иноязычные корни.

Скорее всего, фамилия Хацер имеет еврейское (ашкеназское) происхождение и восходит к немецкому или идишскому слову «Hazer» (или «Chatzer») — «двор», «усадьба». В таком случае она могла быть топонимической: так называли человека, который жил на отдельном хуторе или в большом дворе, либо выходца из местечка с похожим названием. В немецком языке слово «Hatz» также означает «охота», но для фамилии эта версия менее вероятна, так как в еврейской ономастике чаще встречаются прозвища по месту жительства или профессии, чем по абстрактному занятию.

Учитывая, что фамилия не изменяется по падежам как типично русская (Хацер, Хацеру, Хацером), а склоняется как существительное мужского рода, её носители в Российской империи, скорее всего, были из числа еврейских мещан или купцов, получивших фамилию в ходе обязательной фиксации в XIX веке. Встречается также вариант написания «Хацар» или «Хацур», что может быть диалектным произношением того же корня. В славянской среде фамилия могла возникнуть случайно — как прозвище от глагола «хацать» (хватать, цапать) в южнорусских говорах, но это лишь отдалённая гипотеза, не подтверждённая массовостью фамилии в крестьянской среде.

Если искать параллели, то фамилия Хацер стоит в одном ряду с такими же «чистыми» еврейскими фамилиями, как Гофман, Шнайдер или Циммерман, но без немецкого суффикса -ман. Это делает её более редкой и менее «прозрачной» для носителя русского языка, хотя на самом деле значение простое: «дворовый» или «усадебный».