Фамилия Хантемерян — армянская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -ян, одному из самых распространённых в армянской ономастике. Этот суффикс (в древности — -янц) указывает на принадлежность к роду, то есть «Хантемерян» буквально значит «из рода Хантемера» или «потомок Хантемера».

Основа фамилии — составное имя Хантемер. Первая часть, хан, в тюркских языках означает «правитель, владыка»; в армянский язык это слово вошло как титул или часть имени. Вторая часть — темер (или демир) — тюркское слово «железо». Полное имя Хантемер, таким образом, можно перевести как «железный хан» или «владыка, крепкий как железо». Имя это было известно в среде армян, живших в тесном контакте с тюркоязычными народами — особенно в Западной Армении, Киликии и на территории современной Турции.

Словообразовательная модель проста: к личному имени Хантемер добавили патронимический суффикc -ян, и фамилия закрепилась за родом. Встречаются варианты написания: Хантемирян, Хантемурян — они связаны с диалектными произношениями или с разной передачей тюркского «темир» (железо). В некоторых записях XIX века фамилию могли фиксировать как Хантемерьянц, что ближе к классической армянской форме с суффиксом -янц.

Социально носители фамилии Хантемерян относились к разным слоям: от ремесленников и торговцев до священнослужителей. В армянской среде не было жёсткой сословной привязки фамилии к дворянству, как в России, поэтому Хантемерянами могли быть и крестьяне, и купцы. Географически фамилия чаще всего встречается среди армян, чьи предки происходят из региона Вана, Муша или Эрзурума — областей, где тюркские имена и титулы легко входили в армянский именослов.

Никакой другой, неармянской версии происхождения у этой фамилии нет: суффикс -ян однозначно указывает на армянскую традицию, а разбор основы на тюркские компоненты — на культурный контекст, в котором жили носители имени.