Фамилия Ханяев — редкий случай, когда основа почти наверняка тюркская, а суффикс — русский, и это сразу указывает на регион и историю появления. Корень «Хан» (хан, правитель, владыка) в чистом виде в русских фамилиях почти не встречается, потому что такое прозвище было бы слишком громким для крестьянина. Но Ханяев — не от «хан». Основа здесь — уменьшительно-ласкательная форма имени или прозвища Ханя. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «хан» часто входило в состав сложных имён (Ханмурза, Ханбике), а Ханя могло быть домашним сокращением от такого имени. Или же — от арабского имени Хани (счастливый, довольный), где «я» — русский адаптивный суффиксальный элемент.

Суффикс «-ев» указывает на то, что фамилия формировалась в русской среде по модели притяжательных прилагательных: «чей?» — Ханяев, то есть сын или потомок Хани. Это типичная схема для фамилий, которые возникли у крещёных татар, башкир или других народов Поволжья, вошедших в состав русского государства. Двойной корень «хан» плюс русский суффикс — верный признак того, что предок носителя фамилии был не просто татарином, а, скорее всего, служилым человеком или мурзой, принявшим православие. В XVI–XVII веках такие люди получали земли и записывались в дворянские списки, а их потомки постепенно русифицировались.

Географически фамилия Ханяев тяготеет к двум регионам: северо-запад Башкортостана (зона расселения татар-мишарей) и Оренбургская область. Встречается она редко, что подтверждает её происхождение от конкретного прозвища, а не от массового имени. В дореволюционных переписях Ханяевы записаны в основном как государственные крестьяне и казаки — ещё один намёк на пограничное происхождение, когда бывшие степные воины несли службу на южных рубежах России.

Спорных версий тут немного. Некоторые пытаются вывести фамилию от еврейского имени Ханан (милостивый) — но это маловероятно: суффикс «-яев» нехарактерен для ашкеназских фамилий, которые обычно оканчиваются на «-ман», «-берг» или «-ович». Также не стоит путать с фамилией Ханяев и хантыйскими корнями — это совершенно разные языковые семьи. Самая рабочая гипотеза: Ханяев — русифицированная фамилия тюркского происхождения, где за русским окончанием стоит степное имя-прозвище из времен Казанского ханства.