Фамилия Ханзафаров образована от мужского тюркского имени Ханзафар. Первая из них восходит к древнетюркскому «хан» - «правитель, повелитель». Вторая часть ведет свое начало от имени Зафар, которое в переводе с арабского означает «победитель, достигающий цели». Таким образом, буквально имя Ханзафар переводится как «повелитель, достигающий цели». Таким образом, потомок человека, которого звали Ханзафар, со временем получил фамилию Ханзафаров.