Фамилия Ханзафаров указывает на происхождение от мужского тюркского имени Ханзафар. Это составное имя, и каждая его часть имела самостоятельное значение. Первая часть восходит к древнетюркскому слову «хан» — «правитель, повелитель». Вторая часть — это имя Зафар, которое пришло из арабского языка и переводится как «победитель, достигающий цели». Складывая эти смыслы, получаем, что имя Ханзафар буквально означает «повелитель, достигающий цели» или «правитель-победитель».

Сама фамилия образована по классической для русской ономастики модели: к основе Ханзафар добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность потомку. То есть Ханзафаров — это «сын Ханзафара». Такой способ образования фамилий у тюркских народов, попавших в орбиту русского языка, был самым распространенным: имя отца закреплялось за детьми и внуками, постепенно превращаясь в наследственное родовое прозвание.

Имя Ханзафар не было случайным набором слов. В тюркской традиции имена с компонентом «хан» давали с пожеланием мальчику силы, власти и уважения, а добавление арабского имени Зафар усиливало это пожелание чертами победителя. Такое имя мог носить человек, от которого ждали лидерства, или же оно закреплялось за родом, где ценились воинские доблести.

Стоит заметить, что фамилия Ханзафаров встречается в среде народов, исторически исповедующих ислам и говорящих на тюркских языках, — у татар, башкир, а также у народов Кавказа. В русскоязычной среде написание фамилии устоялось через букву «а» во втором слоге — Ханзафаров, хотя в оригинальном произношении возможны варианты с иным ударением.

Потомок человека по имени Ханзафар, получая фамилию, сохранял память о предке-основателе рода. Само имя сегодня встречается реже, чем фамилия, но его смысловая нагрузка — пожелание власти и победы — продолжает жить в родовом имени.