Фамилия Харачура — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — это необычное окончание -ура, которое нетипично для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён. Чаще всего такие окончания встречаются в фамилиях, связанных с тюркскими или кавказскими языками. Вероятнее всего, основа «харач» восходит к тюркскому слову, имеющему значение «чёрный» (ср. кара — чёрный, с перестановкой звуков в диалектах или под влиянием другого языка). В таком случае «Харачура» могло быть прозвищем человека со смуглой кожей, тёмными волосами или мрачным нравом.

Вторая версия отсылает к украинскому или южнорусскому говору. В некоторых диалектах слово «харачура» могло означать нечто вроде «ершистый», «непослушный» или «задира». Суффикс -ур- здесь выполняет роль усилителя, придавая основе оттенок грубоватости или пренебрежения. Если так, то фамилию дали человеку с неуживчивым характером. Эта гипотеза выглядит правдоподобнее, так как в славянских языках есть модели образования прозвищ с -ур- (например, «мичура» — угрюмый, «ханура» — нытик), и Харачура могло попасть в тот же ряд.

Географически фамилия встречается в основном на юге России и в восточных регионах Украины, что подтверждает её связь с местными говорами. Сословного барьера у неё не было: прозвище могли закрепить и за крестьянином, и за казаком. В письменных источниках фамилия нечастотна, что говорит о её локальном бытовании — возможно, она пошла из одного села или хутора, где жил человек по прозвищу Харачура, и лишь потом разошлась по окрестностям.