Фамилия Хараин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным физическим недостатком. В её основе — прилагательное «хромой», но в диалектной форме «харый» или «харай». В северных и сибирских говорах «харый» означало «хромой», «колченогий», «ковыляющий». Человек с такой походкой получал прозвище Харай, а его дети и внуки становились Хараиными.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Харая). Такая же схема у фамилий Хромов, Косолапов, Шепелев, но с той разницей, что основа «хар-» не общеупотребительная, а диалектная. Именно это делает фамилию локально привязанной — её корни, скорее всего, в Архангельской, Вологодской или Пермской губерниях, где слово «харый» было в ходу.

Версия о связи с тюркским «кара» (чёрный) или «хара» (смотреть) менее убедительна: во-первых, фамилия оформлена по русской модели с -ин, а во-вторых, у тюркских основ чаще встречается суффикс -ов (Караев, Харисов). Если бы предок был татарином или башкиром, фамилия звучала бы иначе. Так что «харый» — самая прямая и правдоподобная гипотеза.

Интересно, что в некоторых говорах «харый» имело и вторичное значение — «упрямый», «норовистый» (как хромой конь, который упирается). Так что прозвище могло указывать не на хромоту, а на характер: человек с норовом, которого трудно сдвинуть с места. Оба значения не противоречат друг другу — в народе прозвища часто соединяли внешнее и внутреннее.

Встречаемость фамилии низкая, что подтверждает её диалектное происхождение. В современной России Хараины живут в основном на Урале и в Сибири — регионах, куда переселялись крестьяне из северных губерний. Среди них не было дворян или купцов: это крестьянская фамилия, которая сохранилась благодаря тому, что прозвище не переделали в более благозвучное.