Фамилия Харахайлов — редкая и неочевидная по корню. В ней нет привычного славянского имени или профессии, и это первый сигнал: перед нами, скорее всего, фамилия тюркского или монгольского происхождения, адаптированная русской суффиксальной моделью.

Основа — «Харахай» (или «Харахайл»). В тюркских языках «кара» означает «чёрный», а «хай» может восходить к «хайла» — «кричать», «звать», либо к «хай» как междометию или частице. Однако более вероятна связь с монгольским словом «харахай» (харахайл) — «злой», «свирепый», «хищный». В бурятском и калмыцком языках это слово могло быть личным прозвищем: так называли человека с крутым нравом, либо, в ироничном ключе, ребёнка, чтобы отпугнуть злых духов (имя-оберег). Прозвище Харахай закреплялось за родоначальником, а его потомки становились Харахайловыми.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Харахайлов, то есть сын Харахая. Это типично для фамилий, возникших в зонах активного контакта русских с тюрко-монгольскими народами — например, в Сибири, Забайкалье, на Алтае или в Поволжье. Сословно носители фамилии скорее всего были крестьянами или казаками, поскольку фамилии на «-ов» у дворян чаще образовывались от полных христианских имён, а не от прозвищ.

Редкость фамилии подтверждается и её отсутствием в массовых списках: Харахайловы встречаются точечно, в основном в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае. Это позволяет предполагать, что фамилия не разошлась широко из-за локального бытования исходного прозвища.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с арабским «харака» (движение) или «харадж» (налог) через посредничество кавказских языков, но для неё нет убедительных исторических свидетельств. Основной и самой правдоподобной остаётся монгольская версия со значением «злой», «свирепый» — прозвище, которое со временем потеряло негативный оттенок и стало фамилией.