Фамилия Харахинов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а звукоподражательное слово. Её ядро — «харах» или «хараха», что в тюркских языках означает грубый, хриплый смех или кашель, звук «кха-кха». Отсюда пошло прозвище Харах, которое могли дать человеку с хриплым голосом, сиплым дыханием или привычкой громко, надсадно кашлять. В русской среде к основе добавили типичный фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Харахинов, то есть сын или потомок Хараха.

Модель образования — от прозвища на тюркской основе через притяжательный суффикс -ин. Это исключительно русская фамилия, а не, скажем, татарская или башкирская: окончание -ов/-ев встречается у поволжских народов чаще, а -ин почти всегда маркирует славянскую адаптацию. Поскольку прозвище не было связано с сословием или должностью, предки Харахиновых — скорее всего, крестьяне или посадские люди, которым дали уличное прозвище по характерной физической черте.

Географически фамилия встречается в основном в восточных регионах России — в Забайкалье, Бурятии, Иркутской области. Это объяснимо: в этих местах столетиями шёл контакт русского и тюрко-монгольского населения, и прозвища вроде Харах легко закреплялись за переселенцами или казаками. В западных губерниях фамилия почти не фиксируется.

Сравнение с однокоренными вариантами — Харахин, Харахов — показывает, что Харахинов сохранил исходную основу без редукции. Встречающееся написание через «а» после первой «х» (Хорохинов) — результат аканья или ошибки переписчика, но исторически верна форма через две «а».