Фамилия Харахонов — редкий случай, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается имя с совсем иной, восточной историей. В основе фамилии лежит личное имя Харахон, которое ономасты считают диалектным, то есть народным, вариантом тюркского имени Карахан. Так что, вопреки возможному первому впечатлению, к русским словам «хара» или «хорохориться» фамилия отношения не имеет.

Имя Карахан составное, и каждая его часть несёт отдельный смысл. Основа «кара» в тюркских языках означает «черный», «темный» или «вороной». В именах эта часть часто выступала не цветовым определением, а обозначением силы, мощи или просто темного, крепкого сложения. Вторая часть — «хан» — древний титул, который первоначально носил вождь племени, например у кочевников Ирана и Афганистана, а позже стал частью многих восточных имен как знак уважения и знатности.

Соединившись, эти части давали имя, которым нарекали в надежде, что мальчик вырастет сильным, авторитетным и достойным человеком. Вероятнее всего, основатель рода Харахоновых действительно пользовался уважением в своей среде — иначе такое имя вряд ли закрепилось бы за его потомками как родовое прозвание.

Впрочем, у фамилии есть и другая, менее правдоподобная версия происхождения, которая связывает её с еврейской традицией. Согласно этой гипотезе, в основе лежит аббревиатура Харах, сложенная из первых букв словосочетания «хатан рабби Хаим», что переводится как «зять раввина Хаима». Такая модель образования фамилий действительно встречалась в еврейской среде, но для фамилии Харахонов она выглядит искусственной: куда естественнее объяснить её появление через живое восточное имя, чем через сложную сокращённую конструкцию.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Харахонов буквально означает «сын Харахона» или «из семьи Харахона». Это говорит о том, что имя предка было адаптировано русским языком и церковной или гражданской записью, которая привела восточное имя к привычному для славянского уха виду. Так что перед нами типичный пример того, как тюркское наследие органично вплелось в русскую фамильную систему, сохранив память о человеке, носившем гордое имя Карахан.