Фамилия Харахонов образована от имени Харахон, которое является диалектным вариантом восточного мужского имени Карахан. Это имя, как и большинство имен восточного происхождения, имеет сложную структуру и состоит из двух частей: «кара» и «хан». Первая часть фамилии - кара - переводится на русский язык как «черный», «темный», «вороной». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Вероятнее всего, основатель рода Харахоновых был человеком добрым, честным, пользовался авторитетом и уважением в обществе. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Харахонов еврейского происхождения. В этом случае в ее основе лежит Харах — это аббревиатура от «хатан рабби Хаим», то есть «зять раввина Хаима».