Фамилия Харахонов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Харахонов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Харахонов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Харахонов образована от имени Харахон, которое является диалектным вариантом восточного мужского имени Карахан. Это имя, как и большинство имен восточного происхождения, имеет сложную структуру и состоит из двух частей: «кара» и «хан». Первая часть фамилии - кара - переводится на русский язык как «черный», «темный», «вороной». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Вероятнее всего, основатель рода Харахоновых был человеком добрым, честным, пользовался авторитетом и уважением в обществе. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Харахонов еврейского происхождения. В этом случае в ее основе лежит Харах — это аббревиатура от «хатан рабби Хаим», то есть «зять раввина Хаима». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Харахонов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Харахонов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.