Фамилия Харахонова образована от имени Харахон, которое является диалектным вариантом восточного мужского имени Карахан. Это имя, как и большинство имен восточного происхождения, имеет сложную структуру и состоит из двух частей: «кара» и «хан». Первая часть фамилии - кара - переводится на русский язык как «черный», «темный», «вороной». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Вполне вероятно, родители , нарекая своего ребенка таким именем, желали, чтобы он стал добрым, честным человеком, пользовался авторитетом и уважением в обществе. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Харахонова еврейского происхождения. В этом случае в ее основе лежит Харах — это аббревиатура от «хатан рабби Хаим», то есть «зять раввина Хаима». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Харахоновых можно лишь на основании генеалогических исследований.