Фамилия Харахонова — редкий пример того, как при заимствовании имени меняется не только звучание, но и смысловой оттенок. В её основе лежит диалектный вариант восточного имени Карахан, которое, в свою очередь, складывается из двух тюркских корней: «кара» и «хан».

Первая часть имени, «кара», в тюркских языках означает «черный», «темный», а для масти лошади — «вороной». Вторая часть, «хан», изначально обозначала вождя племени у кочевников Ирана и Афганистана, а позднее стала титулом правителя. Складываясь вместе, эти корни образовывали имя-пожелание: родители, нарекая сына Караханом, желали ему стать человеком добрым и честным, пользоваться авторитетом и уважением в обществе, быть «черным» в смысле силы и основательности, а не зла.

Интересна и судьба начальной буквы. Переход «к» в «х» в начале слова — явление, характерное для некоторых тюркских диалектов и просторечия. Так Карахан превратился в Харахона, а уже от этой народной формы образовалась фамилия с типичным русским суффиксом -ов, указывающим на принадлежность роду: Харахонов — сын Харахона, внук Карахана. Женская форма Харахонова закрепилась за женами и дочерьми.

Существует и альтернативная, но менее правдоподобная версия о еврейском происхождении фамилии. Согласно ей, в основе лежит аббревиатура Харах, расшифровывающаяся как «хатан рабби Хаим» — «зять раввина Хаима». Однако эта гипотеза выглядит искусственной: она не объясняет появления конечного «-он» в корне, тогда как тюркская версия укладывается в стройную словообразовательную цепочку без натяжек.

Процесс формирования русских фамилий был долгим и занял несколько столетий, окончательно закрепившись лишь к XIX веку. Поэтому точно определить место и время возникновения рода Харахоновых можно только по результатам глубоких генеалогических изысканий, но языковой анализ указывает на восточные корни предков, чье имя со временем обрусело и приобрело привычное для нашего уха окончание.