Фамилия Харахнин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская, скорее всего тюркская основа. Она образована по стандартной модели: к прозвищу или имени Харахна добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Харахны» или «человек из семьи Харахны». Первичная форма, скорее всего, звучала как Харахнинъ, и закрепилась в северных или южнорусских говорах, где -ин — обычный патронимический суффикс.

Сам корень харахн- вызывает несколько версий. Самая вероятная — от тюркского «кара» (чёрный) с добавлением уменьшительного или уничижительного аффикса. В тюркских языках «кара» часто входит в состав имён и прозвищ: Карахан, Карахмет. Форма Харахна могла возникнуть как русифицированное производное от такого имени: тюркское начальное «к» в русском окружении иногда переходило в «х», особенно в диалектах. Тогда Харахна — это «чернявый», «смуглый» или, в переносном смысле, «простой человек» (как «чёрный люд»).

Менее убедительная, но встречающаяся в народной этимологии версия связывает фамилию с диалектным глаголом «харахнуть» — ударить, стукнуть. Слово редкое, записано в псковских и тверских говорах, но от него скорее образовалось бы прозвище Харахня (тот, кто бьёт), а не Харахна. Кроме того, суффикс -ин указывает на прозвище на -а, а не на глагольную основу.

Географически фамилия Харахнин редкая. Основные очаги — Поволжье (особенно бывшая Самарская губерния) и Зауралье. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих регионах активно смешивались русские и тюркские (татарские, башкирские) фамильные модели. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и однодворцами — то есть людьми, чьи предки не были крепостными, а несли службу или платили подать напрямую казне.

Однокоренные фамилии — Харахонов, Харахин, Харахордин — встречаются ещё реже и могут иметь разную этимологию. Харахнин стоит особняком именно благодаря суффиксу -ин, который в этом случае чётко указывает на личное прозвище прямого предка.