Фамилия Харахнина — редкий пример того, как ударение меняет всё. Если произнести её с ударением на второй слог — Харáхнина — в основе оказывается «хараха», слово, которое в некоторых южнорусских говорах означало «сварливый, неуживчивый человек», а в тюркских языках — «чёрный» или «тёмный». Если же ударение падает на последний слог — Харахнинá — корнем становится «харахна»: в сибирских и уральских диалектах так называли скупого, прижимистого человека, скрягу. Обе версии правдоподобны и не противоречат морфологии: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Харахнина — дочь или жена того, кого прозвали Харахна или Хараха.

Фамилия встречается в основном в Сибири и на Урале, что подтверждает вторую версию: в документах XVIII–XIX веков среди крестьян и мещан Тобольской и Пермской губерний попадаются прозвища Харахна — обычно их давали людям с тяжёлым характером или чрезмерной бережливостью. В метрических книгах фамилия фиксируется с середины XIX века, причём часто в форме без окончания -а, то есть Харахнин, что характерно для мужского варианта, а женская форма Харахнина закрепилась как наследуемая.

Словообразовательная модель проста: прозвище Харахна (или Хараха) + притяжательный суффикс -ин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, типичных для центральных областей, суффикс -ин чаще встречается на севере и востоке России. Никакой связи с еврейским или инородческим происхождением нет — это чисто русская фамилия, образованная от диалектного прозвища. В дореволюционных списках носители Харахниных числились государственными крестьянами, реже — мастеровыми на заводах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Харахнин, Харахин — то Харахнина стоит особняком: в ней слышится двойная возможность толкования, и без точного знания говора предков выбрать одну версию трудно. Но именно эта неоднозначность и делает фамилию ценной для историка: она сохранила в себе живую диалектную речь, почти исчезнувшую из современного языка.