Фамилия Хардакова — женская форма фамилии Хардаков, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от многих русских фамилий на -ов/-ев, здесь нет ясного имени или профессии в основе. Корень «хардак» в русском языке не встречается, поэтому искать объяснение стоит либо в заимствованиях, либо в искажённой записи исходного слова.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «хардак» или близкие формы означают «грязь», «тина», «болотистое место» или «сорняк». Прозвище Хардак могли дать человеку, жившему у болота, или тому, кто работал с глиной, грязевыми строительными материалами. В южнорусских и казачьих областях, где был силён тюркский субстрат, такие прозвища не редкость. Суффикс -ов типично русский, он присоединился к основе, адаптируя тюркское слово.

Менее распространённая гипотеза — происхождение от личного имени Хардак, которое могло быть вариантом крестильного имени, например, Харлампий (в народной форме Харлак, Хардак). Но это объяснение слабее: переход «л» в «д» нехарактерен для русской фонетики, и в исторических записях такая форма не зафиксирована.

С точки зрения географии, фамилия Хардаков (и Хардакова) редкая. Встречается преимущественно в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где русские переселенцы активно контактировали с тюркскими народами. Это косвенно подтверждает версию о заимствовании.

Таким образом, предок носительницы фамилии Хардакова, скорее всего, получил прозвище по месту жительства или занятию, связанному с болотистой, грязной местностью, а фамилия закрепилась в форме отчества-притяжательности: «сын Хардака». Другие версии менее доказательны и не подкреплены ономастическими данными.