Фамилия Хариборько — редкий пример, когда в основе лежит не имя, не профессия, а прозвище, составленное из двух корней. Первая часть, «хари-», восходит к слову «харя» — в старину так называли маску, личину или просто лицо с пренебрежительным оттенком. Вторая, «-борь-», связана с глаголом «бороть» или существительным «борьба». Получается что-то вроде «борющийся с маской» или «тот, кто срывает личину». Вряд ли это было комплиментом: скорее всего, прозвище дали человеку прямому, резкому, не терпящему притворства.

Суффикс «-ко» в конце типичен для украинских и южнорусских фамилий. Он указывает на уменьшительно-ласкательную или, чаще, на принадлежность: Хариборько — это «сын Харибора» или «человек из рода Хариборов». Такая модель образования (основа прозвища + -ко) широко распространена на территории современной Украины и в приграничных областях России, особенно в Черниговской, Полтавской и Слобожанщине.

В русских официальных документах фамилия могла записываться с окончанием «-а» (Хариборька) по аналогии с другими фамилиями на -ко, которые склонялись как существительные женского рода. Однако в современном употреблении закрепился несклоняемый мужской вариант.

Других версий происхождения, например от крестильного имени, у этой фамилии нет — в православных святцах ничего похожего на «Харибор» не встречается. Это стопроцентно прозвищная фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казацкой среды, где такие меткие, нелицеприятные прозвища были в ходу.