Фамилия Хархунова — женская форма фамилии Хархунов, и её происхождение связано с прозвищем, которое давали либо по внешности, либо по характеру. Основа фамилии — слово «хархун» или «харкун». В русских говорах так называли человека, который постоянно харкает, кашляет или говорит хрипло, с придыханием. Прозвище могло закрепиться за человеком с больным горлом, курильщиком или просто за тем, кто говорил неразборчиво, «сипел». В ряде диалектов «хархун» означало ещё и ворчуна, брюзгу — то есть человека, который постоянно «кряхтит» и выражает недовольство.

Словообразовательная модель проста: к основе «хархун» добавили патронимический суффикс -ов, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ. Фамилия Хархунов (и Хархунова) — относительно редкая, и её география тяготеет к центральным и южным областям России, где диалектная лексика сохраняла слово «харкать» в бытовом употреблении. В северных говорах это прозвище встречалось реже.

Существует и менее очевидная версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «хар» — «снег», «белый», но она выглядит натянутой: для русского уха «Хархун» звучит как чисто звукоподражательное прозвище, а не как заимствование из степных языков. К тому же суффикс -ун в русской антропонимии типичен именно для прозвищ, описывающих действие или свойство (бегун, крикун, молчун), и «харкун» вписывается в этот ряд без всяких оговорок.

В документах XVI–XVII веков, например в актах по Рязанскому краю, встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Харкун, что подтверждает бытовую, а не книжную природу фамилии. Сословно носители фамилии Хархуновы, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Так что за фамилией стоит не герб и не громкая история, а живое наблюдение: предок кого-то из Хархуновых либо часто покашливал, либо имел привычку ворчать себе под нос.