Фамилия Хархун является фонетическим вариантом фамилии Харкун. Фамилия Харкун образована от аналогичного прозвища. Оно ведет свое начало от глагола «харкать», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «извергать с напряженьем и шумом мокроту». Возможно, что Харкуном прозвали человека со слабым здоровьем, часто страдающего кашлем. Однако, скорее всего, Харкун – это охранительное внутрисемейное прозвище, выполняющее функцию оберега. В данном случае, надеясь иметь здорового мальчика, родители назвали его Харкуном. Так и прозвище Харкун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Хархун. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Харкун, со временем получил фамилию Хархун.