Фамилия Халхун — редкий случай, когда русская по форме фамилия, скорее всего, имеет восточные корни. В её основе лежит прозвище Халхун, которое образовано от слова «халхун» — «жаркий, знойный, горячий». Вероятно, так на Руси прозвали либо темпераментного, вспыльчивого мужчину, либо человека, который на удивление легко переносил холод и редко замерзал.

Само слово, по всей видимости, пришло в русский язык из чжурчжэньского диалекта монголов во времена татаро-монгольских завоеваний. Чжурчжэни — тунгусские племена, населявшие территорию Маньчжурии, включая Приморский край. Возможными предками чжурчжэней могли быть создатели неолитической культуры Хуншань. Этноним «чжурчжэни» относят к X веку — периоду, когда тунгусо-маньчжурское царство Бохай захватили кидани. Однако сходные названия, например «сушэнь», были известны ещё до нашей эры: они упоминаются в «Книге государства Вэй» и «Шань-хай цзин».

Значение слова «чжурчжэнь» неизвестно, но любопытна его судьба в маньчжурском языке. Там слово jušen встречается во многих лексических единицах со значением «раб», «крепостной». Например, jušen halangga niyalma — «маньчжурский крепостной» — буквально означает «человек из клана чжурчжэней». Во многие другие языки этноним проник через монгольский, а сама Монгольская империя положила конец существованию чжурчжэней как самостоятельного этноса. С XVII века они известны как маньчжуры.

Как именно слово «халхун» закрепилось за конкретным человеком и дало фамилию, сказать трудно: письменных свидетельств о первом носителе не сохранилось. Но словообразовательная модель здесь типично русская: прозвище Халхун без дополнительного суффикса перешло в фамилию, что характерно для древнейшего пласта русских фамилий, закрепившихся в XV–XVII веках. В отличие от фамилий на -ов или -ин, такая форма указывает на прямое, «отцовское» именование, которое не успело обрасти притяжательным суффиксом.