Фамилия Харсун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет типичного русского суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами либо застывшее прозвище, либо фамилия тюркского или кавказского корня.

Самый вероятный путь — от прозвища Харсун, образованного от диалектного или иноязычного слова. В тюркских языках есть основа «харс» или «хырс», означающая «злой», «свирепый», «хищный» (иногда — «медведь»). Если добавить к ней характерный для южных регионов суффикс -ун (как в фамилиях Горбун, Грызун), получится прозвище Харсун — «злюка», «драчун» или «медведеподобный человек». В таком случае фамилия могла закрепиться у казаков, татар или народов Северного Кавказа, где подобные прозвища были распространены.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже возможная — от арабского имени Хасан (красивый, хороший) через диалектное искажение. В некоторых говорах «Хасан» могло превратиться в «Харсан», а затем, под влиянием местного произношения, — в «Харсун». Однако эта гипотеза слабее: переход «сан» в «сун» нехарактерен для русского языка, и для неё нет надёжных лингвистических параллелей.

География фамилии сегодня размыта: носители встречаются в России, на Украине, а также среди армян и греков Приазовья. В армянской среде, например, фамилии на -ун нередки (Галустян, Карапетян), но «Харсун» там скорее исключение, а не правило. Скорее всего, предки носителя — выходцы из южнорусских или казачьих областей, где смешивались славянские, тюркские и кавказские элементы. Точных данных о дворянском или крестьянском происхождении нет — фамилия не фигурирует в родословных книгах, что указывает на её простонародные корни.

Таким образом, Харсун — это, скорее всего, прозвищная фамилия, закрепившаяся за человеком с крутым нравом или внешним сходством с хищником. Она обошлась без типичных русских суффиксов, что делает её редким примером прямой фиксации прозвища в качестве родового имени.