Фамилия Харлачинская — одна из тех, что сразу выдают своё географическое происхождение. Её основа — топоним: название населённого пункта Харлачино, Харлачиха или подобного. Таких деревень и сёл в России несколько, и все они, скорее всего, получили имя от прозвища или некалендарного имени Харлач. В основе этого прозвища лежит тюркское слово «харла» (или близкое к нему), которое в разных диалектах могло означать «чёрный», «грязный» или относиться к человеку с тёмными волосами и смуглой кожей. Не исключено и влияние глагола «харлать» — в некоторых говорах так говорили о хриплом, сиплом голосе или о кашле.

Суффикс -ск- указывает на типичную модель образования фамилий от названий мест: сначала появилось прозвище «Харлачинский» — «тот, кто родом из Харлачино». Со временем оно закрепилось как фамилия. Финаль -ая — это окончание женского рода, характерное для фамилий-прилагательных. В мужском варианте фамилия звучала бы как Харлачинский, но в современном русском языке форма Харлачинская может быть как исходной для женщины, так и закрепившейся в роде, если носительницей была женщина.

Сам корень Харлач — редкий. Если сравнивать с более известными однокоренными фамилиями, то это Харламов (от имени Харлампий) или Харлашкин. Но Харлачинская стоит особняком: она не от церковного имени, а от мирского прозвища или названия деревни. Это делает её ценной для локальной истории — носители фамилии, вероятно, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где стояла деревня Харлачино. Точная география требует уточнения по архивным данным, но логично искать корни в средней полосе России, в Поволжье или на Урале, где распространены фамилии на -ский/-цкий от географических названий.

Сословно фамилия не была жёстко привязана к дворянству. Хотя окончание -ский часто ассоциируется с польской шляхтой или русским духовенством, в данном случае это скорее крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XIX веке при переписях, когда жителям сёл давали фамилии по названию их деревни. Если предок носил прозвище Харлач, то он мог быть и крестьянином, и ремесленником — прозвище не указывает на род занятий, а описывает внешность или характер.