Фамилия Харния — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она не является типичной: в ней нет привычного суффикса -ов/-ев, -ин, -ский или -их, который сразу указывал бы на географию или сословие. Это наводит на мысль, что перед нами либо позднее заимствование, либо фамилия, возникшая из прозвища, записанного на слух.

Вероятнее всего, основа «Харн» восходит к диалектному или иноязычному корню. В русских говорах слово «харня» могло означать что-то ветхое, неказистое или скупое — есть параллели с «харя» (лицо, но в грубом значении) и «харчить» (тратить, кормить). Однако прямого словарного подтверждения у такой версии мало. Более надёжным выглядит тюркское или финно-угорское влияние. В татарском и башкирском языках «хар» или «кар» — снег, а «ния» может быть суффиксом принадлежности, то есть «снежный» или «относящийся к снегу». Встречается и карельская фамилия Харни, где корень связан с «харью» (щель, расщелина) — так могли прозвать человека, жившего у оврага.

Модель образования фамилии проста: основа плюс окончание -ия. Такое оформление характерно для фамилий, которые в XIX веке давали в духовных училищах или семинариях — там любили «облагородить» простое прозвище, приделав к нему латинское или греческое окончание. Харния могла возникнуть как искусственная фамилия для ученика по прозвищу Харня или Харный. Если это так, то предок носителя был либо человеком с резкой внешностью (от «харя»), либо выходцем из северных или восточных губерний, где тюркские корни были обычны.

География фамилии сегодня размыта: единичные носители встречаются в России и странах бывшего СССР, но нет выраженного региона. Это подтверждает версию о позднем и, возможно, единичном возникновении — например, от переселенца или носителя редкого прозвища, которое не успело дать ответвлений. Спорных версий здесь немного: попытки связать фамилию с английским «harn» (сбруя) или немецким «Harn» (моча) выглядят натянутыми — такие заимствования в крестьянской среде маловероятны. Правдоподобнее всего считать Харнию либо семинарским новоделом на базе русского прозвища, либо обрусевшей формой тюркской фамилии Харниев.