Фамилия Харонжа — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано с древнерусскими прозвищами или крестильными именами. Первое, что бросается в глаза, — отсутствие привычных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Фамилия застыла в форме, близкой к исходному слову, что типично для поздних, часто искусственных образований или для фамилий, принесённых переселенцами.

Наиболее вероятная версия — географическое происхождение. Фамилия может быть образована от названия населённого пункта. В Польше существует деревня Харонжа (Charęża), а в Беларуси — урочище Харонжа. В таком случае предок носителя фамилии был выходцем из этого места, и его прозвали «Харонжа» — то есть «тот, кто из Харонжи». Подобная модель (называть человека по месту жительства без добавления суффикса) встречается у украинских, белорусских и польских фамилий, например, Жук, Гай, Воля. Если семья переселилась в Россию, фамилия могла сохраниться в исходной форме без русификации.

Менее убедительной выглядит версия о происхождении от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «харонжа» могло означать нечто связанное с «хорониться» (прятаться, таиться) или быть искажением слова «хорунжий» (знаменосец в казачьих войсках). Однако прямых лингвистических подтверждений этому нет, и звуковой переход в этом случае неочевиден. Версия с прозвищем от «хорунжий» (через форму «хоронжа») возможна, но маловероятна из-за редкого окончания на «-а».

Социальный статус первых носителей фамилии определить сложно. Если верна географическая версия, то предки были, скорее всего, крестьянами или мещанами, получившими фамилию по месту выхода при переписи или переселении. Ввиду крайней редкости фамилии, её носители в России, вероятно, имеют общие корни и происходят из одной локальной группы, возможно, из западных губерний Российской империи.