Фамилия Харонова, на первый взгляд, кажется производной от греческого Харон — перевозчика душ умерших в мифологии. Но такое объяснение для русской фамилии маловероятно: прямых заимствований из античной мифологии в народные прозвища почти не попадало. Скорее всего, перед нами женская форма фамилии Харонов, а её основа лежит в другом, бытовом корне.

Самое правдоподобное объяснение — связь с диалектным словом «хароный» или «харя». В северных и сибирских говорах «харя» означала не только лицо, но и маску, личину, а также бранное прозвище. Тогда Харонов — сын Харона, то есть человека с необычной внешностью или того, кто носил маску (например, на святках). Менее вероятна версия от тюркского «хара» (чёрный) с русским суффиксом -онов: в таком случае фамилия могла означать «чернявый», «смуглый». Но тюркские корни редко дают суффикс -онов, чаще встречается -ов или -ев.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа (прозвище или имя) + суффикс -ов/-ев. Форма Харонова — женская, указывающая на принадлежность к роду Хароновых. Встречается фамилия в основном на Русском Севере и в Сибири, что косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении. В центральных областях она редка.

Если отбросить мифологическую версию, которая красива, но не имеет под собой реальной почвы, то предок носителя фамилии Харонов мог быть либо человеком с прозвищем Харя (возможно, за крупные черты лица или привычку гримасничать), либо участником ряженья. В любом случае, фамилия — не книжная, а народная, живая.