Фамилия Харсанов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, которые образованы от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ по профессии, основа «Харсан» не имеет прямого аналога в славянском именослове. Это сразу подсказывает: корень, скорее всего, иноязычный.

Самая вероятная версия — восточное происхождение. Имя Харсан (варианты — Хорсан, Харсан-бек) встречается у тюркских народов, в частности у татар и башкир. В арабском языке корень «харс» (حرس) означает «охрана», «стража», а «Харсан» может осмысляться как «стражник», «охранник». В тюркской среде такие имена давали с пожеланием, чтобы ребёнок был защитником семьи. Суффикс -ов в данном случае работает как стандартный русский патронимический формант: Харсанов — «сын Харсана». Фамилия могла закрепиться за выходцем из татарских или башкирских родов, принявшим православие, или за русским, получившим прозвище от тюркского имени.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Азии есть историческая область Хорасан (ныне часть Ирана, Туркменистана и Афганистана). В русской традиции название могло трансформироваться в прозвище «Харсан» — так могли назвать человека, приехавшего из тех краёв или торговавшего с ними. Однако для фамилии Харсанов эта гипотеза слабее: переход от топонима к личному имени с последующей фамилией — процесс более сложный и редкий.

В русских документах фамилия встречается редко, в основном в Поволжье и на Урале — в регионах, где исторически плотно соседствовали русские и тюркские народы. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении Харсановых нет. Это типичная «семейная» фамилия, которая скорее говорит о происхождении предка из татарской или башкирской среды, чем о его ремесле или сословии.