Фамилия Харциенко образована от прозвища Харций, которое и стало её основой. Словообразовательная модель здесь прозрачна: к прозвищу добавили типичный украинский патронимический суффикс -енко, который указывал на «сына» или потомка. То есть Харциенко — это буквально «сын Харция». Такая модель была широко распространена на землях современной Украины в XVI–XVIII веках, когда фамилии только закреплялись за крестьянскими и казацкими родами.

Что касается значения самого прозвища, здесь есть две основные версии. Первая возводит его к польскому слову harcować — «резвиться, шалить». В этом случае Харцием могли прозвать человека живого, подвижного, неуёмного нрава. Вторая версия связывает прозвище с украинским словом «харциз» — «разбойник, грабитель». Тогда прозвище звучало бы как характеристика человека с тёмным прошлым или суровым, дерзким поведением.

Правдоподобнее выглядит вторая версия, хотя бы потому, что слово «харциз» встречается в украинских говорах именно с таким значением, и оно органично ложится в ряд прозвищ, которые давали за характер. Польское harcować тоже возможно, но оно оставило бы скорее форму Харцов или Харцевич, а вот «харциз» напрямую объясняет появление звука «ц» в основе. Впрочем, полностью исключать польское влияние нельзя: на правобережной Украине, где веками соседствовали украинский и польский языки, такие заимствования в прозвищах были делом обычным.

Само прозвище Харций со временем вытеснило наследственное имя, которое человек носил до этого. Это типичная история для украинских фамилий: прозвище, данное в быту, закреплялось в документах и передавалось детям, а прежнее имя забывалось. Так Харциенко и зажило самостоятельной жизнью, разойдясь по разным регионам — преимущественно по центральной и восточной Украине, а позже и за её пределами.