Фамилия Харьякова образована от мужского имени или прозвища Харьяк (в безударной позиции — Харяк) с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов, который в женском роде принимает форму -а. Основа здесь — не календарное церковное имя, а скорее прозвище, и его происхождение неочевидно. Самая прямая версия: в основе лежит слово «харя» — в старых говорах так называли маску, личину (отсюда «харя» в значении «рожа», «лицо» с пренебрежительным оттенком). Прозвище Харяк мог получить человек, носивший маску на празднике (например, ряженый на Святках), либо обладатель грубых, резких черт лица. В этом случае Харьяков — потомок того, кого в округе звали Харяком.

Есть и менее очевидная, но возможная версия, связанная с диалектным словом «харья» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли наглеца, бесстыдника, а также неряху. Если принять эту основу, прозвище Харьяк носило ярко выраженный отрицательный, оценивающий характер — так могли за глаза назвать человека неопрятного или нахального. Слово «харья» родственно древнерусскому «харити» (портиться, гнить), и в таком случае фамилия — из семантического гнезда «нечистоты, небрежности».

Суффикс -ак (в форме Харьяк) характерен для севернорусских и сибирских фамилий, он часто прикреплялся к основам прилагательных и существительных для образования прозвищ: «худой — худяк», «босой — босак». Фамилия Харьякова, таким образом, географически тяготеет к северу и северо-востоку Европейской России, а также к Уралу и Сибири — регионам, где активно действовала эта словообразовательная модель. Встречается она нечасто, что указывает на локальное бытование исходного прозвища.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «ь» перед «я»: Харьяков, а не Харяков. Это не случайность — мягкий знак сохраняет след древнего произношения: основа звучала как «Харь-» (с мягким «р»), и на письме это закрепилось. В документах XIX века можно встретить варианты «Харяков» и «Харьяков»; современная орфография зафиксировала более архаичную форму с «ь». Однокоренные фамилии — Харяков, Харин, Харичев — все они восходят к тому же корню «хар-», но с разными суффиксами.