Фамилия Хавонов — редкая и по звучанию, и по происхождению. В ней нет ни очевидной географической привязки, ни распространённой модели, как в фамилиях на -ский. Её основа — Хавон — почти не встречается в современных русских именах или прозвищах, что заставляет искать корни в диалектах или заимствованиях.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Хавон. В русских говорах, особенно южных и западных, «хавон» или «хавун» — это обжора, ненасытный человек. Слово происходит от глагола «хавать» (есть, жрать), который имеет экспрессивную, сниженную окраску. Прозвище могли дать человеку с отменным аппетитом или тому, кто любил плотно поесть. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Хавона», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «хавон» означает «дыня» или «бахчевая культура». В этом случае прозвище могло относиться к торговцу или огороднику, выращивавшему дыни. Однако эта гипотеза слабее: для русской фамилии более естественно образование от бытового прозвища, чем от заимствованного названия плода, если только носители не жили в зоне активных контактов с тюрками.

Фамилия Хавонов почти не встречается в исторических документах и дворянских родословных. Это говорит о её позднем оформлении и крестьянском или мещанском происхождении. Встречается она в основном в центральных и южных областях России, что совпадает с ареалом диалектного слова «хавон». По модели образования она аналогична фамилиям Жуков, Волков, но с более редкой и конкретной основой.