Фамилия Хавратенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которые в XVII–XIX веках массово формировались на землях Гетманщины, Слобожанщины и Запорожья. Суффикс -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (аналог великорусских -ов/-ев, -ин). Соответственно, Хавратенко — «сын Хаврата» или «потомок Хаврата». Основа фамилии — личное имя или прозвище Хаврат, которое в свою очередь восходит к крестильному имени Амвросий (греч. Ambrosios — «бессмертный, божественный»). В народном произношении имя Амвросий упрощалось: через форму Хавросий (с заменой «ам» на «хав» под влиянием южнорусских говоров) возникло стяжение Хавр, от которого образовалось ласкательное или обиходное Хаврат.

В некоторых говорах фамилию могли связывать с диалектным словом «хаврать» — медлить, копаться, но это менее вероятная версия: патронимическая модель на -енко почти всегда отталкивается от личного имени, а не от глагола. Географически фамилия Хавратенко тяготеет к восточной Украине и югу России — к регионам, где исторически оседали выходцы из Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. Встречаются варианты написания Ховратенко (с заменой «а» на «о» в безударной позиции) и Хавратюк (с другим суффиксом). Носители фамилии, скорее всего, происходили из казацких или крестьянских семей: в украинской среде фамилии на -енко вплоть до конца XIX века оставались преимущественно простонародными, редко встречаясь у шляхты.