Фамилия Хавратов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно отбросить привычную модель «от имени или прозвища предка» и присмотреться к суффиксу. Основа здесь — «Хаврат», а не «Хавр», как могло бы показаться. Форма на -ов указывает на принадлежность: Хавратов — сын Хаврата.

Сам корень «хавр-» в русском языке не встречается. Это сразу подсказывает, что фамилия, скорее всего, не исконно русская, а пришла из тюркских или кавказских языков. В осетинском, кумыкском или ногайском языках есть слово «хав» или «хаур» — беда, горе, злосчастье. В таком случае Хаврат могло быть охранительным именем: родители нарекали ребёнка «несчастным» или «бедовым», чтобы отвести от него настоящие несчастья. Подобная практика широко известна у многих народов — имя-оберег от сглаза.

Вторая версия, менее вероятная, но заслуживающая упоминания, — связь с арабским именем Хавра (или Хаура), которое восходит к райской деве (гурии). Но в таком случае форма должна была бы звучать как Хауратов или Хавратов с ударением на второй слог. В современном произношении фамилия чаще звучит с ударением на первый слог — Ха́вратов, что тяготеет к тюркской огласовке.

Географическая привязка фамилии размыта, но носители встречаются на Северном Кавказе, в Ставропольском крае и среди казачьих родов. Это наводит на мысль, что Хавратовы — потомки горцев или степняков, принявших православие и перешедших на русскую фамильную модель. В метрических книгах XIX века фамилия почти не фиксируется, что говорит о её поздней письменной фиксации — возможно, уже в советское время, когда многие «нестандартные» фамилии унифицировали под русские суффиксы.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе нет. Хавратов стоит особняком: ни Хаврагин, ни Хавриков с ним не связаны. Это делает фамилию ценной для локальной генеалогии — каждый носитель, скорее всего, происходит из узкого круга семей, сохранивших редкое родовое прозвище.