Фамилия Ховратов образована от прозвища Ховрат. Оно ведет свое начало от украинского слова «ховрах» - суслик. Давая младенцу такое имя, как Суслик, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Согласно другой версии, в основе прозвища лежит диалектное «ховря» - свинья. Можно предположить, что так окрестили человека, разводившего свиней. Хотя не исключено, что Ховратом прозвали неряшливого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ховрат, со временем получил фамилию Ховратов.