Фамилия Ховратовы образована от прозвища Ховрат, которое, в свою очередь, восходит к украинскому слову «ховрах» — суслик. Такое имя-оберег давали младенцу, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, а к нему перешли полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного мира. Это древняя традиция «защитных» имён, когда человека нарекали неброским прозвищем, чтобы отвести от него злые силы.

Слово «ховрах» пришло в украинский язык из тюркских наречий, где означало именно степного грызуна. Это даёт нам важную географическую привязку: фамилия должна была зародиться в южнорусских или украинских землях, в зоне степи и лесостепи, где суслики были обычным явлением. Человек, получивший прозвище Ховрат, мог быть юрким, запасливым или, наоборот, иметь внешнее сходство с этим зверьком — например, небольшие глаза или щекастое лицо.

Существует и вторая версия, менее поэтичная, но не менее правдоподобная. В русских диалектах встречается слово «ховря» — свинья. В этом случае прозвище Ховрат мог получить либо свиновод, либо, что тоже вероятно, неряшливый, неопрятный человек. В народной среде такие прозвища давались легко и не всегда несли оскорбительный смысл — часто это была просто бытовая характеристика, закреплявшаяся за человеком на всю жизнь.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательную модель образования: Ховратов — это «сын Ховрата», «потомок Ховрата». Такая модель была самой распространённой в русской ономастике XV–XVII веков, когда фамилии формировались у крестьян и посадских людей. Судя по основе, фамилия не могла принадлежать знатному роду — она вышла из простонародной среды, где прозвища заменяли людям официальные имена.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным и шёл неравномерно. Однако можно уверенно сказать, что фамилия Ховратовы — памятник славянской народной культуры, в котором сохранилась память о диалектных словах, почти ушедших из живого языка. Сегодня носители фамилии встречаются в разных регионах России, но корни её следует искать на юге, в зоне влияния украинского языка и степной природы.