Фамилия Ховрин образована от прозвища Ховра. В основе лежит диалектное нарицательное «ховря» — так в некоторых говорах называли неопрятного человека, а иногда и невнимательного, ротозея. Потомок человека с таким прозвищем со временем и получил фамилию Ховрин.

Но есть и другая версия, менее правдоподобная. Согласно ей, в основе фамилии лежит женское имя Ховра — уменьшительный вариант имени Феврония, которое в переводе с греческого означает «лучезарная». Чередование согласных ф/х было характерно для древнерусского языка, поэтому переход Феврония — Ховра вполне естественен. Однако для прозвищной модели образования фамилий первая версия выглядит убедительнее: прозвища, данные по внешним чертам или поведению, встречались гораздо чаще, чем имена, пусть и в уменьшительной форме.

С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Ховру Григория Степановича, московского гостя, жившего в первой половине XIV века. Именно от него, по данным исследователя, пошли Ховрины. Это одно из ранних упоминаний, что делает фамилию довольно древней и связанной с московским купечеством. Гость в те времена — не просто приезжий торговец, а купец, ведущий крупные дела, часто с зарубежными партнерами. Так что родоначальник Ховриных был человеком состоятельным и заметным.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения по всей России, а закрепилась в основном в столичном регионе, что косвенно подтверждает её происхождение от конкретного исторического лица. В отличие от многих других фамилий, образованных от прозвищ, Ховрин не имеет множества региональных вариантов, что говорит о её относительно узком, но устойчивом ареале бытования.