Фамилия Ховрин принадлежит к древнему пласту русских фамилий, образованных от прозвищ. В её основе лежит слово «ховря», которое в диалектах означало «неопрятный человек». Так могли прозвать неряшливого или небрежного в делах человека, и это прозвище закреплялось за ним и его потомками. Однако у этой фамилии есть и вторая, более знатная версия происхождения, связанная с именем Ховра — просторечной формой женского имени Феврония. В переводе с греческого это имя означает «лучезарная». Если следовать этой версии, фамилия могла возникнуть как отчество от матери или бабушки, которую в быту звали Ховрой.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для XIV–XVII веков: к основе «Ховр-» добавили притяжательный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность конкретному лицу. Такой же суффикс мы видим в фамилиях Пушкин, Бородин или Гагарин. Форма «Ховрин» буквально означала «сын Ховры».

Особый интерес представляет связь фамилии с родом московских гостей — так в старину называли крупных купцов, ведущих внешнюю торговлю. В труде историка С. Веселовского упоминается Ховра Григорий Степанович, московский гость первой половины XIV века, от которого пошли Ховрины. Это одно из ранних документальных свидетельств бытования прозвища, и оно указывает на то, что фамилия не была крестьянской по происхождению. Скорее всего, родоначальник был человеком состоятельным и влиятельным, а его прозвище, возможно, не имело отрицательного оттенка, а отражало какую-то личную черту или манеру поведения.

Стоит отметить, что фамилия Ховрин могла возникать в разных местностях независимо, ведь диалектное слово «ховря» было широко распространено. Поэтому часть носителей фамилии может вести родословную от неопрятного предка, а часть — от человека по имени Ховра. Обе версии имеют право на существование, и без генеалогических изысканий по конкретной семье определить, какая из них верна, невозможно.

Точное место и время возникновения фамилии Ховрин установить сложно, поскольку процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Но сам факт упоминания Ховры Григория Степановича в XIV веке говорит о том, что эта фамилия — один из ранних образцов русской ономастики, сохранивший память о прозвищах и именах, которые вышли из повседневного обихода.