Фамилия Ховратова — женская форма фамилии Ховратов, которая образована от мужского прозвища или имени Ховрат. В основе лежит тюркское имя Ховрат (вариант — Ховрад), которое восходит к арабскому «хуврат» — «уважаемый, почитаемый». Такие имена были распространены среди татар, башкир и других тюркских народов, а в русскую среду они попадали через контакты с Золотой Ордой и последующими ханствами.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединяется к основе Ховрат. Это типичный патронимический суффикс, который в русских фамилиях указывал на принадлежность к отцу или предку: Ховратов — буквально «сын Ховрата». Суффикс -ов, а не -ин, подсказывает, что основа не оканчивалась на -а/-я, что подтверждает мужское происхождение прозвища.

География фамилии узкая. По данным современных исследований, Ховратовы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане и в Оренбургской области — регионах с исторически сильным тюркским влиянием. В центральной России фамилия редка, что указывает на её локальное бытование среди поволжских татар или башкир, которые затем переходили в православие и русифицировали фамилию.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с диалектным словом «ховра» — так в некоторых говорах называли хомяка или суслика. Но она слаба, так как прозвище «Ховра» давало бы фамилию Ховрин, а не Ховратов. Кроме того, тюркская основа объясняет и редкость фамилии, и её географию.

В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не фиксируется — это говорит о том, что она оформилась поздно, вероятно, в XIX веке, когда крестьяне и бывшие инородцы получали официальные фамилии. Носители фамилии Ховратова — потомки тех, кто носил имя Ховрат, и их семейная история связана с тюркским миром Поволжья.